Oligonukleotid-Analyse
Die Oligonukleotid-Analyse mittels Massenspektrometrie deckt die nachfolgenden Bereiche ab:
Die Molekulargewichtsbestimmung eines nativen Oligonukleotids bis zu einer Größe von mindestens 75 Untereinheiten kann mittels MALDI-TOF MS zur Messung der intakten Masse und zur Bestimmung des Reinheitsgrads der Probe durchgeführt werden.
Die Sequenzierung von Oligonukleotiden wird für Bestätigungen der Zusammensetzung und der Sequenz von Deoxyribonukleotiden mit einer Größe bis 55 Untereinheiten verwendet. Für diese Aufgabe eignen sich die Methoden MALDI-TOF und ES-MS/MS.
Im Rahmen einer auf MALDI-TOF MS basierenden Methode wird das Nukleotid von beiden Enden aus mit spezifischen Exonukleasen mehrerer Konzentrationen nach und nach verdaut. Auf diese Weise wird eine Fragmentmischung hergestellt, die mit MALDI-MS analysiert werden kann.
Auch mit ES-MS/MS können Oligonukleotide sequenziert werden. Hierbei werden die Daten der Fragment-Ionen den möglichen Nukleotidkombinationen zugeordnet. Diese Methode eignet sich sowohl für DNA als auch für RNA sowie für gemischte Oligomere und erfordert keine Vorbehandlung oder Verknüpfung mit Phosphothioat. Auch für modifizierte Nukleotide ist eine erfolgreiche Analyse möglich, und die Methode kann bei Mischungen angewendet werden, ohne dass die einzelnen Spezies zuerst aufgetrennt werden müssen.
