De Novo Protein Sequenzierung
Die De-Novo Sequenzierung von Proteinen ist ein Verfahren zur Bestimmung der Aminosäuresequenz eines Peptids oder eines Proteins, wenn keine Vorkenntnisse hinsichtlich der DNA- oder Proteinsequenz vorliegen. Diese Methode unterscheidet sich von der Sequenzierung von Proteinen mit bekannter Protein- bzw. DNA-Sequenz, mit der die korrekte Sequenz lediglich bestätigt wird (siehe Peptid Mapping).
De-Novo Sequenzierungen von Proteinen und die Sequenzverifizierung werden mit MS/MS durchgeführt. Bei dieser Methode werden intakte Peptide in einem Massenspektrometer absichtlich in Fragmente gespalten und strukturelle Informationen über die so entstandenen Fragment-Ionen gesammelt.
Auch die N-terminale Sequenzierung kann Sequenzinformationen liefern. Bei dieser Methode werden Aminosäuren dem Edman-Abbau unterworfen und nacheinander vom Aminoende des Peptids abgespalten.
Im Rahmen der Charakterisierung von biopharmazeutischen Produkten mit besonderem Fokus auf die variablen Bereiche von Immunglobulinen wird die De-Novo Sequenzierung häufig verwendet. SGS M-Scan hat bereits einige De-Novo Sequenzierungen von Proteinen und Antikörpern durchgeführt.
Eine weitere wichtige Anwendung ist die Identifikation von unbekannten Proteinen bei Analysen im Bereich Proteomik.
